平成23年度の国税通則法改正で、平成25年から重要な点として、どのようなところが変わったのでしょうか？

税務調査自体の大きな変更はありません。あくまで手続き上の改正になります。
税務調査の流れは下記のとおりです。

（注：国税庁パンフレット「税務手続きについて～国税通則法等の改正～」より引用。）

まず、納税者と顧問税理士に対して、税務調査の事前通知として、原則、以下の事項が電話により、
口頭ではありますが、行われることが明確化されました。

・明確化された事前通知事項
（1） 実地調査を行う旨
（2） 調査日時
（3） 調査場所
（4） 調査の目的
（5） 調査税目
（6） 調査期間
（7） 調査の帳簿書類とその他の物件
（8） 調査の相手方である納税義務者の氏名及び住所又は居所
（9） 調査を行う税務職員の氏名及び所属官署
（10）調査日時又は調査場所の変更に関する事項
（11）事前通知以外の事項について非違が疑われることになった場合には、当該事項に関し調査を行うことができる旨

今年に入り、何件か顧問先の税務調査に立会っておりますが（※仕掛り中含む。）、
その際、雑談がてら税務調査官に、改正後の税務調査手続きの現況について、いろいろと聞いてみました。

税務署として、事務負担が大幅に増えたことはもとより、どうしても事前に伝える事項が多くなり、
電話が長くなってしまうそうです。
そして、長いため、最後まで聞いてくれない納税者が多い傾向にある、と言っていたのが印象的でした。

確かに、税務署から納税者に、税務調査の件で電話がかかってきて、事前通知ということで、先ほどの項目内容を一方的に伝えられても、正直、よく分からないばかりか、「早く電話を切りたい…。」という心境にかられて、端折りたくなる気持ちも分からないでもありません。ましてや初めての税務調査であれば、なおさらです。

いっぽう、事前通知は原則ですが、事前通知なしで、突然税務調査が入る、無予告調査の要件も明確化されました。
（1）違法又は不当な行為を容易にし、正確な課税標準等又は税額等の把握を困難にするおそれ
（2）その他国税に関する調査の適正な遂行に支障を及ぼすおそれ
があると認められる場合です。（国税通則法第74条の10）
無予告調査は、私も今年、顧問先にありました。

最後に、税務調査は拒否できないのか？という点ですが、納税者は税務調査の受忍義務があり、
税務調査官には質問検査権があります。
よって、虚偽の回答をしたり、調査をやみくもに拒否した場合は、法律の罰則の定めがあります。
顧問税理士の立会いを求めることはできますので、まずは、すぐに顧問税理士へ連絡することが、重要になってきます。